食品杀菌机可分为巴氏杀菌和紫外线杀菌两种。
紫外线杀菌设备杀菌原理是利用紫外线灯管辐照强度，即紫外线杀菌灯所发出之辐照强度，与被照消毒物的距离成反比。当辐照强度一定时，被照消毒物停留时间愈久，离杀菌灯管愈近，其杀菌效果愈好，反之愈差。紫外线杀菌设备的杀菌效率十分高，可达99%-99.9%，且对几种细菌病毒的杀菌时间一般只需1秒以内，越来越受到食品行业和制药行业的欢迎。
巴氏杀菌的原理是在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖越慢；温度越高，繁殖越快。但温度太高，细菌就会死亡。不同的细菌有不同的生长温度和耐热、耐冷能力。巴氏消毒其实就是利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。但经巴氏消毒后，仍保留了小部分无害或有益、较耐热的细菌或细菌芽孢，
